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                      遺傳性主動脈瘤專家共識與VariantPro技術的完美結合

                      昨日,國家心血管病專家委員會血管外科專業委員會的專家學者發布了《遺傳性胸主動脈瘤/夾層基因檢測及臨床診療專家共識》,旨在闡述基因檢測在遺傳性胸主動脈病診斷及篩查中的作用,以及明確診斷后針對各種類型胸主動脈病患者提出醫療和生活方式管理方面的建議。共識一經發出,引起關注此類疾病同行朋友們的熱烈討論,本文就共識中一些大家較關注的點做一些分析。(詳細共識解讀請查看:《遺傳性胸主動脈瘤/夾層基因檢測及臨床診療專家共識》

                      病史采集及臨床診斷建議中提出,建議詳細采集患者個人臨床信息和家族史。因為胸主動脈瘤患者通常無癥狀,直到突發急性主動脈并發癥才緊急就醫,很多時候已經錯過最佳預防及治療期。提前了解患者基因信息,做好預防性措施,可以起到防范于未然的作用。

                      臨床治療及隨訪檢查建議中提出,主動脈患者何時進行藥物和手術治療,除依據患者的病理指征外,不同基因突變導致的不同亞型的主動脈病兇險程度有差異,對于主動脈手術時機的選擇也具有一定指導意義。同時,針對不同基因背景和個體因素的胸主動脈病患者,需要選擇合適的預防性手術指征,以及合適的監測、隨訪周期及檢查方式。

                      在遺傳學檢測及家系篩查建議中提出,對遺傳性主動脈病患者進行基因檢測,一方面可在患者癥狀表現完全之前明確診斷,另一方面也可提示疾病的臨床特征,指導干預時機、治療方案及預后管理。依據先證者的基因檢測結果,對家系成員進行特定位點篩查,具有輔助診斷、癥狀前干預及預后判斷等作用。多項專家共識都闡述了基因檢測在主動脈病診斷、治療及管理中的重要作用,并提供了具體的指導方案,見圖。

                      根據專家共識建議,主動脈疾病相關基因突變的檢測對于主動脈疾病的治療具有極其重要和關鍵的作用。

                      在前期市場調研中我們了解到這類疾病基因檢測的市場需求,并與相關專家共同開發了一款遺傳性主動脈疾病基因檢測試劑盒,包含18個主動脈疾病相關基因的編碼區,覆蓋剛發布的共識中10個檢測至少要包含的核心基因,并覆蓋7個可以包含的基因,為客戶提供一個較為全面的主動脈疾病基因檢測解決方式。(產品詳情請點擊:VariantPro遺傳性主動脈疾?。℉eritable Aortic Disease )Panel介紹

                      遺傳性主動脈疾病基因檢測Panel基本性能

                      針對13種遺傳性主動脈疾病:馬凡綜合征、Loeys-Dietz綜合征、Ehlers-Danlos綜合征、先天性攣縮性蜘蛛指綜合征、Shprintzen-Goldberg綜合征、家族性胸主動脈瘤/夾層等

                      18個基因的編碼區:SKI、TGFB2、COL5A2、COL3A1、TGFBR2、MYLK、FBN2、COL5A1、TGFBR1、NOTCH1、PRKG1、ACTA2、KIAA1279、FBN1、SMAD3、MYH11、SMAD4、SLC2A10

                      Panel Size:68.08kb

                      方法學: NGS法

                      采用技術VariantProTM一步式捕獲建庫方法

                      適配平臺:Illumina NextSeq, MiSeq, MiniSeq, HiSeq2000/2500/3000/4000/X, NovaSeq

                      測序模式:PE150

                      擴增子覆蓋度:99.61%

                      DNA需求量:100-200ng

                      操作時間:捕獲建庫手動操作時間20分鐘左右;PCR時間6-8小時;上機前文庫純化時間60分鐘左右

                      富集特異性:90±5%

                      擴增子均一性:90±5% at 0.2×mean coverage

                      測序數據量與覆蓋深度

                      擴增子均一性:90±5%at 0.2×mean coverage

                      困難擴增子分析

                      #418擴增子(394bp)高GC;#77擴增子(410bp)低GC,重復區域,存在polyA。以上兩個擴增子擴增困難。#55擴增子(400bp)局部低GC,增加數據量可以提高覆蓋度。

                      根據《單基因遺傳性心血管疾病基因診斷指南》(2019版),NGS無法捕獲的區域,可以用sanger測序進行補測。試劑盒中總計2個擴增子,合計170bp區域難以捕獲,可以用2個反應sanger測序補測。

                      VariantPro?一步式多重PCR方法

                      Omega Prime

                      1.提升特異性——omega primer需要3p臂和5p臂同時特異結合模板,理論特異性提升超過26,000倍。

                      2.寬容模板變異——5p arm的長度基本達到35bp以上,允許引物最大程度的錯配能力。

                      3.降低引物二聚體的形成——OmegaPrimer中負責特異性擴增的3p arm在(15-17nt),減少了引物二聚體形成的可能性。

                      4.容納更長的真實序列——相較于傳統多重PCR引物,OmegaPrimer中引物所占擴增子區域減小,有效序列比例提高。

                      RelayPCR

                      通用引物與特異性引物一起加入PCR反應管中,只需一個PCR體系即可完成靶向序列捕獲到測序文庫制備全過程。無需開管、閉管、轉管操作,最大程度減少實驗室外部污染,最大限度避免人工操作可能引入的錯誤和系統誤差。

                      參考文獻

                      1.國家心血管病專家委員會血管外科專業委員會. 遺傳性胸主動脈瘤/夾層基因檢測及臨床診療專家共識. 中國循環雜志,2019, 34: 319-325.

                      2.ErbelR, AboyansV, BoileauC,et al. 2014 ESC Guidelines on the diagnosis and treatment of aortic diseases:Document covering acute and chronic aortic diseases of the thoracic and abdominal aorta of the adult TheTask Force for the Diagnosis and Treatment of Aortic Diseasesof the European Society of Cardiology (ESC). Eur Heart J, 2014, 35: 2873-2926.

                      3.楊航等.遺傳性主動脈疾病基因檢測的應用.中國循環雜志2016 年3月第31卷第3期(總第213期)

                      4.中華醫學會心血管病學分會,精準心血管病學學組,中國醫療保健國際交流促進會,精準心血管病分會中華心血管病雜志編輯委員會.單基因遺傳性心血管疾病基因診斷指南[J],中華心血管病雜志2019年3月第47卷第3期

                      如需了解更多產品詳情,歡迎電聯:0571-87662413,郵箱:market@lc-bio.com。

                      VariantBaits? Target Enrichment System

                      液相雜交捕獲系統

                      基于自主知識產權μPara?o? 微流體芯片平臺合成RNA捕獲探針,采用液相雜交技術捕獲靶標DNA,使用生物素標記探針誘餌,探針序列與靶向序列互補,完成靶向序列文庫的富集與制備??捎糜趶男〉酱笠幠5幕虿东@,容忍某些局部模板的變異。

                      VariantPro? One-Step Multiplex PCR System

                      一步式多重PCR建庫系統

                      經過LC Sciences科學家兩年潛心攻關,于2015年成功研發出VariantPro?一步式多重PCR建庫系統,在目標區域進行引物設計,通過多重PCR的方式進行目標區域擴增,通常不受引物間模板變異的影響。文庫制備可簡化成一步,人工操作時間僅5分鐘,可用于小到中規模的基因捕獲。

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