国产精品青青青高清在线观看_日本96在线精品视频免费观看_国产乱理伦片在线观看大陆_www在线小视频免费

                      洛宇生物,為人類更健康!
                      咨詢熱線:0871-68396621 hys@labreal.cn

                      測序服務

                      聯系我們contact
                      0871-68396621
                      hys@labreal.cn
                      昆明市盤龍區龍泉路871號茨壩生物創新中心B座2層

                      遺傳圖譜

                      目    錄
                      • 產品介紹
                      • 常見問題
                      • 經典案例
                      • 結果展示

                      背景簡介

                      遺傳圖譜也叫連鎖遺傳圖譜(Genetic linkage map),是指基因或DNA分子標記在染色體水平上的相對位置與遺傳距離,通常以基因或DNA片段在染色體交換過程中的重組頻率來描述,單位為厘摩爾(cM)。例如兩個基因或兩個分子標記之間的遺傳距離為0.8cM表示減數分裂時的重組頻率為0.8%。這里的遺傳距離指的是相對距離而不是染色體上的物理距離。兩者的遺傳距離越近,發生重組的概率就會越低,反之亦然。     數量性狀是指表型呈現連續變化的性狀,如株高抗病能力等容易受到多種因素的影響??刂茢盗啃誀畹幕蛟诨蚪M上的位置被稱作數量性狀基因座(Quantitative Trait Locus, QTL)。     尋找QTL在染色體上的位置并估計其遺傳效應,稱作QTL作圖(QTL mapping)。構建圖譜需要有大量的分子標記作為輔助,傳統的分子標記包括RFLP、SSR等。但是用這些標記去定位區間存在標記密度過低,構建費時費力等問題,逐漸被SNP標記給替代。利用全基因組重測序或簡化基因組測序的方法得到高密度的SNP標記定位QTL已經成為主流。

                       

                      應用領域
                       
                      QTL定位:通過表型性狀與標記間的關聯分析來確定各個數量性狀位點在染色體上的位置、效應及各個QTL間的 相互作用。


                      輔助基因組組裝:通過帶有序列信息的遺傳圖譜,將組裝的scaffold進行進一步的鏈接,并定位到染色體上,以獲得基因組精細圖譜。

                       
                       分子標記輔助育種:獲得與性狀緊密連鎖的標記,根據標記序列設計引物,直接應用于群體中的性狀篩查。

                      比較基因組學研究:利用高密度遺傳圖譜上標記的宏觀共線性,揭示不同物種間染色體或片段上的共線性,分析相關物種基因組結構和進化歷程。

                      方案設計

                      分析內容


                      樣本類型和測序方案

                      取樣類型:具有重要性狀的親本,雜交或自交能產生后代。
                      子代群體包括暫時分離群體F1、F2和永久分離群體RIL、NIL等
                      作圖群體:父本母本各一個,子代數量150個起。隨機挑選作圖群體。
                      測序深度:親本20-30X,子代3-5X

                      Q1. 群體數量是否有要求?

                      A:我們一般推薦老師的樣本數≥200,至少150個起。和BSA混池選樣策略完全相反,即BSA選取的是極端性狀做混池,而遺傳圖譜盡量做到隨機取樣,而不是刻意挑選。

                      Q2 .不同物種如何選擇作圖群圖?

                      A:首先要符合親本雜交或自交后具有可育性,然后根據親本的雜合和純合度選擇分離群體。通常情況下親本純合度較高的物種如水稻等,分離群體可選用F2、BC、RIL、DH、NAM群體等。而雜合度較高的親本(純合度<50%)如林木、果樹、水生魚類、昆蟲等一般采用F1作為分離群體。

                      Q3 .全基因組重測序的測序深度有何要求?

                      A:對于親本,我們推薦測序深度≥20X。子代推薦深度3-5X。

                      Q4 . 多倍體可以做遺傳圖譜嗎?

                      A: 同源多倍體物種遺傳圖譜目前可以當做二倍體來做,異源多倍體例如四倍體陸地棉等作物可以當做兩個二倍體作物來構建遺傳圖譜。

                      Q5 . 遺傳圖譜除了QTL定位還有哪些重要的功能?

                      A:遺傳圖譜用途廣泛,包括QTL定位、輔助基因組組裝、分子標記輔助育種和比較基因組學研究等。

                      Q6 .表型數據是否符合正態分布才能進行QTL定位?

                      A:事實上表型數據中的隨機誤差大致符合正態分布即可,無需嚴格要求表型數據滿足正態分布。但是這里需要再次強調的是,老師在選擇作圖群體時,取樣盡量要均勻隨機而不是刻意選擇自己喜歡的性狀。

                      Q7. 上圖標記中是否包含偏分離標記?偏分離標記原因是什么?

                      A:包含偏分離不顯著的標記,顯著偏分離的標記會被過濾掉。偏分離是自然界非常普遍存在的現象,并被認為是生物進化的動力之一。產生偏分離的原因主要有兩個方面:配子選擇和合子選擇,其中配子選擇主要包括花粉致死、花粉管競爭和選擇性受精。除了上述原因以外,環境因素、非同源重組、基因轉換、轉座因子、轉基因沉默、體外孤雄生殖過程中的選擇壓、非整倍體或不穩定易位造成的染色體不穩定等都有可能是導致偏分離。

                      基于重測序圖譜精細定位大豆抗性基因


                      材料:
                      親本: Magellan ×PI 438489B
                      子代:RIL群體(246個子代個體)
                      測序
                      親本測序深度13.5X,子代 0.19X
                      性狀
                      抗豆根受線蟲病 

                      246個重組自交系的Bin map,紅色來自感病親本,綠色來自抗性親本。B圖是A圖基礎上放大的效果圖。白色的線是重組區(重組間隔),兩個重組間隔之間即為一個Bin,以Bin為標記作圖。
                       
                      3509個bins,每個bin平均包含著31個SNPs,R/QTL 包構建連鎖圖,該連鎖圖覆蓋了大豆基因組2314cM,平均圖距為0.66cM。

                      定位結果

                      在群體足夠大的情況下,采用重測序的方法測序定位效果會更加精細;尋找非同義突變位點,縮小候選區域;一步到位,直接獲得候選區域序列信息。

                      標記層面

                      重測序可以高效開發雙親之間的SSR,InDel標記同時檢測SV,CNV變異信息;SSR,InDel標記檢測操作相對于CAPS,dCAPS標記更加容易,一般實驗室就能順利完成。

                      分析內容

                      可以與參考基因組和近緣物種進行共線性分析,尤其是與近緣種進行共線性分析時可以挑出同源片段,深入研究這些保守片段的分子結構和特點。

                      輔助組裝

                      利用親本的高深度序列信息(30X)可以完善參考基因組序列信息,輔助和糾錯基因組裝工作。

                      參考文獻

                      Xu, X., et al. (2013). Pinpointing genes underlying the quantitative trait loci for root-knot nematode resistance in palaeopolyploid soybean by whole genome resequencing. PNAS, 110(33), 13469-74.

                      測序深度分布圖

                      多態標記開發


                      遺傳譜圖共顯性評估

                      圖譜質量評估

                      共線性評估

                      QTL定位結果


                      遺傳圖譜構建

                       

                      掃碼反饋

                      掃一掃,反饋當前頁面

                      咨詢反饋
                      掃碼關注

                      微信公眾號

                      返回頂部