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                      簡化基因組測序

                      目    錄
                      • 產品介紹
                      • 常見問題
                      • 經典案例
                      • 結果展示

                      背景簡介

                      簡化基因組測序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)是對部分基因組進行序列測定。它是指利用生物信息學方法,設計標記開發方案,富集特異性長度片段,應用高通量測序技術獲得海量標簽序列來代表目標物種全基因組信息的測序方法。

                      技術優勢

                      方案靈活:可根據每個客戶的研究目標和內容靈活定制研究方案
                      重復性高:不經過片段大小選擇,技術重復度好
                      數據可信度高:基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML,有效去除重復序列對分型的干擾

                      技術路線

                      分析內容

                       


                      樣本類型

                      細胞,動植物組織,血液,總DNA等

                      建議總DNA起始量>20 μg,濃度>100 ng/μl,

                      OD260/280介于1.8-2.0之間,并確保DNA無降解。

                      Q1:高密度SNPs標記開發時要考慮哪些因素?

                      A:高密度SNPs標記開發的基本條件和設計理念是所獲得的片段盡量在基因組上分布均勻,通過測定少量代表全基因組信息的序列獲得的成千上萬SNPs標記。首先要利用生物信息學方法對目標物種參考基因組(或已知BAC序列)進行系統分析,根據基因組GC含量、重復序列情況和基因特點等信息,選擇相應的限制性酶以及測序文庫類型,以保證分子標記的密度、均勻性、效率滿足遺傳分析和分子育種的需要。

                      Q2:簡化基因組測序的常用測序文庫類型有哪些?

                      A:簡化基因組測序常用測序文庫類型可以歸納為3個大類:①簡化測序,包括簡化文庫(reduced-representation libraries,RRLs)和簡化多態序列復雜性(complexity reduction of polymorphic sequences,CroPS);②限制性酶切位點關聯DNA測序(restriction-site-associated DNA sequencing,RAD-seq);③低覆蓋基因分型文庫,包括多元鳥槍法基因分型(multiplexed shotgun genotyping,MSG)和基于測序的基因分型(genotyping by sequencing,GBS)。

                      應用RAD技術構建茄子的遺傳圖譜并對花青素苷呈色性狀進行QTL 定位


                      研究背景

                      茄子是第三個最重要的茄科作物(僅次于馬鈴薯和番茄),在2010年全球產量為41.8 Mt,是中東、東非、南亞地區和歐洲南部的重要蔬菜。通過遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱為遺傳連鎖圖譜。遺傳連鎖圖譜是定位和分析植物和動物的復雜性狀的重要資源。

                      研究目的

                      利用Illumina的高通量測序平臺,采用限制性酶切DNA(RAD)技術,對茄子進行單核苷酸多態性(SNP)的開發,完成其遺傳圖譜的構建,并對花青素苷呈色性狀的數量性狀位點(QTL)進行定位。

                      研究結果

                      在茄子基因組上共發現了347個新的SNP標記和84個錨定標記,用431個標記中的415個標記構建了相應的茄子遺傳連鎖圖譜。圖譜跨越的總遺傳距離為1390 cM,包含了12個連鎖群。并據此對花青素苷呈色性狀進行了相應的定位。結果顯示其與七個性狀相關,每個性狀分別受一至六個數量性狀位點(QTL)控制,并且其中至少有一個QTL起著主要作用。

                      參考文獻

                      Lorenzo Barchi, et al. A RAD Tag Derived Marker Based Eggplant Linkage Map and the Location of QTLs Determining Anthocyanin Pigmentation. PLoS One, 2012, 7 (8) : e43740.

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